Trong năm 2006, chi đoàn thanh niên PVTrans đã được phê duyệt nâng cấp lên Đoàn cơ sở với số luợng hơn 70 đoàn viên sinh hoạt theo 4 chi đoàn trực thuộc phân theo đặc thù công việc của các phòng ban/chi nhánh.
Tháng 7/2006 các chi đoàn trực thuộc đã tổ chức thành công các đại hội chi đoàn và bầu ra các ban chấp hành chi đoàn
Tháng 8/2006, Đoàn cơ sở công ty đã tổ chức thành công đại hội đoàn cơ sở nhiệm kỳ 2006-2008 và bầu BCH Đoàn cơ sở gồm 9 đồng chí.